Die Umsetzung von Cross-Compliance erfolgt in Sachsen-Anhalt auf drei Ebenen: Das Ministerium für Landwirtschaft und Umwelt ist die Zahlstelle. Koordinierende Stelle ist das Landesverwaltungsamt. Kontrollbehörden sind die Ämter für Landwirtschaft und Flurneuordnung sowie die Landkreise und kreisfreien Städte.